В 1993 году победила на конкурсе им. М. И. Глинки и была приглашена в Мариинский театр, где имела обширный репертуар с «открывшим» её дирижёром Валерием Гергиевым. В 1994 году была приглашена в Ригу на роль Царицы ночи в независимом проекте "Волшебная флейта" (Рижская Независимая опера Avangarda Akadēmija. Автор проекта и режиссер Михаил Мамилов, дирижер - Дэвид Милнс (США). В 1995 году дебютировала в Сан-Франциско (Людмила, «Руслан и Людмила»).

Широкую известность ей принесли роль Памины в «Волшебной флейте», Розины в «Севильском цирюльнике». Анна Нетребко стала известна как очень успешная исполнительница русских оперных партий, таких как Людмила, Наташа в опере «Война и мир» Прокофьева, Луиза в «Обручении в монастыре» и Марфа в «Царской невесте» Римского-Корсакова. Нетребко успешно выступала в не характерном для себя стиле бельканто, исполнив романтические роли Джильды в «Риголетто» Верди, Мюзетты в «Богеме» Пуччини и Джульетты в «Монтекки и Капулети».

В 2002 году состоялся дебют Нетребко в Метрополитэн-опера (Наташа, «Война и мир»). В том же году она дебютировала в роли Донны Анны в опере Дон Жуан Моцарта, которая прошла в рамках фестиваля в Зальцбурге под управлением Николауса Арнонкура.

В 2003 году в репертуар Анны Нетребко были включены роли Виолетты в опере Джузеппе Верди «Травиата», которая прошла в Мюнхене, главная роль в Лючии ди Ламмермур на представлении в Los Angeles Opera, роль Донны Анны на представлении в Ковент Гардене.

В 2003 году вышел первый студийный альбом Opera Arias, который стал одним из самых продаваемых альбомов академической музыки в 2003 году. В следующем, 2004 году вышел второй альбом — Sempre Libera. Исполнение оперных партий в Ромео и Джульетта в паре с Роландо Вильясоном (Мексиканский тенор) было оценено достаточно высоко. С этим же исполнителем Нетребко исполняла партии в «Любовном напитке» в 2005 году. В том же году она сыграла роль Виолетты Валери в «Травиате» с оркестром под управлением Карло Риззи на Зальцбургском фестивале.